Начисляются ли дополнительные баллы абитуриентам, которые закончили в год поступления подготовительные курсы, отделения и т.п.?

Да, дополнительные баллы начисляются. Коэффициент составляющий конкурсный балл за подготовительные курсы не может превыщать 5%. Количество баллов за подготовительные курсы устанавливается каждым ВУЗом.